Diplômé de l'Ecole Supérieure d'Electricité (Supelec) en 1990, Pascal Anquetin débute sa carrière en SSII, premièrement en tant que chef de projets puis comme directeur technique. En 1996, il rejoint l'éditeur de jeux vidéo Cryo en tant que directeur de production, avant de créer la direction des systèmes d'information en 2000.

En 2002, Pascal Anquetin rejoint le groupe de travail temporaire Vediorbis, racheté en 2007 par Randstat, en tant que directeur des systèmes d'information. En 2007, il prend la direction générale d'une filiale du groupe Crit (RH-Externet), puis la direction des systèmes d'information du groupe début 2009. En 2011, Pascal Anquetin occupe le poste de directeur de l'organisation et des systèmes d'information du groupe Direct Énergie, premier fournisseur alternatif français d'énergie. En 2012, il devient directeur des systèmes d’information chez Altran France puis directeur des systèmes d’information du Groupe Altran en 2014.

Il occupe désormais le poste de directeur des systèmes d’information d’Elior Group.